スポーツモデルの需要縮小で一度消滅するも復活
4代目
再び軽自動車規格が改められた1998年に登場した4代目アルトワークスは、新規格に沿ったボディサイズの拡大を果たし、ホットモデルのエンジンはVVT(可変バルブタイミング)を搭載したDOHCターボエンジンに電子制御スロットルを採用し本格的なスポーツモデルに匹敵するものとなった。
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さらに、全車種にフロントベンチレーテッドディスクブレーキを採用したほか、純正タイヤに横浜ゴム製のハイグリップタイヤであるADVAN NEOVAを採用するなど、過去1番のホットモデルに仕上げられていた。
しかし、スポーツモデルへの需要縮小なども相まってアルトワークスは2000年12月に実施されたマイナーチェンジのタイミングで終売となり、その後しばらくは姿を消すこととなってしまった。
5代目
5代目アルトワークスは2015年12月に登場し、じつに15年振りの復活となった。エンジンは新世代のR06A型のDOHCターボエンジンとなり、トランスミッションには専用開発のショートストローク5速MTのほか、クラッチレスMTの5速AGSも用意された。
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過去のモデルにあったセンターデフを備えたフルタイム4WDはなく、FFモデルがメイン(生活四駆としての4WDもあり)とはなったが、新プラットフォームの「HEARTECT(ハーテクト)」による軽量ボディによってもっとも軽量な仕様で670kgとライトウエイトスポーツに仕上がっており、レカロシートを標準装備としながらも約150万円というスタート価格も非常に魅力的だった。
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現在販売中の9代目アルトにはアルトワークスが設定されていないことから、この5代目モデルは中古車として高値安定が続いており、なかには新車価格を上まわる価格が付けられるものも珍しくない状態となっている。