バイオ燃料には大きく3種類の原料がある
バイオエネルギー（燃料）とは、バイオマスを基にしたエネルギー資源のことで、バイオマスとは生物資源（bio＝バイオ）の量（mass）を表す言葉である。その意味は「再生可能な生物由来の有機性資源で、化石燃料を除いたもの」と定義されている。簡単にいってしまえば、地球上に存在する動物、植物を合わせた生物に由来するエネルギー資源を指す言葉だ。ちなみに一般的にいわれる「有機」とは炭素のことを指し、この反対語として「無機」（炭素を含まない）という言葉が存在する。
さて、燃料として利用できるバイオエタノールだが、現在、大まかにわけて3種類の原料が存在する。
その3つは、糖質原料（サトウキビ、糖蜜など）、デンプン質原料（とうもろこし、麦、芋類など）、そしてセルロース系原料（稲わら、廃材木など）で、糖質原料およびデンプン質原料は実用化されている。バイオエタノールは、ガソリンに代わる燃料として考えられており、じつは現在、世界各地でガソリンに混入されE5（5%混入）、E10（10%混入）といった種別で販売されている。
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余談だが、セルロース系のバイオ燃料は、原料に含まれるセルロースを分離後、セルロース酵素を用いてグルコース（いわゆるブドウ糖）に分解。このグルコースに微生物を加えてエタノールを作る方法は、第2世代バイオ燃料として研究が進められ、期待度の高い燃料となっている。
植物油（菜種油、オリーブ油、大豆油など）、魚類、豚脂、牛脂などの生物油、あるいは廃食用油（てんぷら油など）を原料とするのがバイオディーゼルだ。文字どおりディーゼル機関を想定した燃料で、バイオエタノールのようにアルコール発酵をさせる作業が必要ないため、よりシンプルに作り出せる燃料となっている。
ただし、原料が油類であるため粘性があり、そのままでは燃料系を詰まらせることになるため、原料に含まれるグリセリンを除去して粘性を下げる作業が必要となる。やはりバイオエタノールの場合と同じく軽油に混合され、B10（10%混入）、B20（20%混入）と表記されている。また、B100（100%）という仕様の燃料もある。
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そして、バイオジェット燃料がある。燃料の燃焼圧力を後方に排出、それを推進力とするのがジェット（ターボファン）エンジンで、現状、燃料にはケロシン（Jet A＝ほぼ灯油と考えてよい）が使われている。このケロシンにバイオ燃料（植物油、使用済み食用油、藻類、牛脂由来）を混入して使う方法が試されている。
植物が成長過程で行う光合成により、その植物から作られるバイオ燃料は、二酸化炭素に関してプラスマイナスゼロ、カーボンニュートラルの考え方が成立することになる。
